Якуниным обвиняется вологодский губернатор в отмене электричек. Компания РЖД считает ответственным за отмену пригородных электричек в Вологодской области губернатора Олега Кувшинникова. Там утверждают, что «ответственность за это лежит на вологодском губернаторе, а ни в коем случае не на президенте компании». Представитель железных дорог назвал обвинения в адрес компании «переваливанием с больной головы на здоровую». Так, с первого января 2015 года, пригородные поезда перестанут ходить в регионе, причиной есть миллионные долги области перед Пригородной пассажирской компанией. Железнодорожники также подчеркивают, что если проблема не разрешится в ближайшее время, то вернуть электрички будет проблематично. Начальник Северной железной дороги РЖД Василий Билоха сообщает, что в принципе реально, что пригородные перевозки в Вологодской области прекратят существование по вине региона. Можно подождать месяц-два, а дальше придется расформировать бригады, платформы, участки обслуживания и так далее. Правительство области, в свою очередь, считает суммы, требуемые железнодорожниками, необоснованно завышенными и предлагает оплатить лишь часть долга. Взамен электричек власти региона – автобусное сообщение.